מעמדה החוקי של בדיקת הפוליגרף בישראל משתנה בהתאם למערכת בית המשפט בו נידון העניין וכן גם ההתייחסות אליה – בעוד שקיימות ערכאות שיפוטיות המקבלות בנסיבות מסוימות את בדיקת הפוליגרף כראיה, ערכאות אחרות שוללות את קיומה כסמכות ראייתית. להלן סקירה קצרה מיוחדת על מעמדה של בדיקת הפוליגרף בעיני בתי הדין השונים בישראל, האזרחי, הפלילי והרבני:
- בית משפט אזרחי – המשפט האזרחי כולל בתוכו את בית המשפט לתביעות קטנות, בית הדין לענייני משפחה ובתי המשפט שלום ומחוזי בשבתם לדיון על נושאים אזרחיים דוגמת דיני חברות, נדל"ן, תביעות נזיקין, תביעות ביטוח ועוד. בית המשפט האזרחי נוהג לאשר את השימוש בבדיקת מכונת אמת בעת יישוב סכסוכים כלכליים ועסקיים ולצורך של אימות גרסאות, וזאת בהסכמה מראש של שני הצדדים הנוגעים בעניין לביצוע הבדיקה ולקבלה ללא עוררין של תוצאותיה. במקרה של אימות גרסאות בולטת בדיקת הפוליגרף גם בבית הדין לענייני משפחה, בעיקר בתביעות הנוגעות לגירושין ובמקרים בהם הגרסאות החלוקות מקשות על קבלת החלטות הרות גורל הנוגעות לעתיד הילדים המשותפים.
- בית הדין הרבני – בית הדין הרבני הוא סמכות שיפוטית לכל דבר ועניין בישראל, בענייני גירושין, לזוגות אשר בחרו לנהל את ההליך מולו. בית הדין הרבני מכיר ועושה שימוש בבדיקת הפוליגרף לצורך אימות גרסאות והכרעה בתיקי גירושין מורכבים, וזאת בהסכמת הצדדים, שכן לא ניתן לחייב אדם לעבור בדיקת פוליגרף.
- בית משפט פלילי – במשפט הפלילי השימוש בבדיקת הפוליגרף משתנה על פי סוג ואופי ההליך המשפטי, כאשר בבית המשפט לא ניתן להציג בדיקת פוליגרף כראיה ואף לא להזכיר את קיומה, אי קיומה או הסירוב לבצעה כגורם הבא להשפיע על ההחלטה. הדבר נכון הן למשפט ראשון וראשי והן למשפט חוזר בעל הליך וענין פלילי, ובדיקת הפוליגרף לא תוכל לשמש ראיה בבקשה לקיומו של משפט חוזר. עם זאת, הליכי החקירה וגילוי הראיות גמישים יותר ומאפשרים שימוש בבדיקת פוליגרף בנסיבות מסוימות. בהליכי מעצר רשאי בית המשפט קבל את תוצאות בדיקת הפוליגרף בהחלטתו אם להאריך את מעצר החשוד בעבירה פלילית, וניתנת לו אף הזכות לשיקול הדעת בהחלטה האם לקבל את הבדיקה כראיה מספקת המצדיקה מעצר עד תום ההליכים של החשוד.
גם בהליכים מנהליים ניתן לעשות שימוש בבדיקת הפוליגרף ולקבל את נכונותה. בכל מקרה, לא ניתן לחייב אדם לעור בדיקת פוליגרף ללא הסכמתו, בכל דין ולכל מטרה.
בדיקות הפוליגרף מתבצעות בשיטות שונות, כאשר הן נשענות על העובדה כי לאדם ישנה תגובה פיזיולוגית לאמירת דבר שקר, וזו תבוא לידי ביטוי במדדים הנבחנים על ידי המכונות המתקדמות לביצוע הבדיקה. אמינותה של הבדיקה גבוהה במיוחד והיא מציגה אחוזי הצלחה גבוהים הקרובים ל- 95% הצלחה בבדיקות שונות. ישנם כיום בישראל מכונים רבים המתמחים בביצוע בדיקות פוליגרף באופן פרטי ומספקים שירות זה בקביעות לעורכי דין וכן מוסדות משפטיים לטובת קידום חקר האמת.